Differenzen in der Umsatzsteuer münden oft in eine nervlich strapazierende Suche. Sie werden die Plausibilitäten in FibuNet schätzen, die sowohl die Differenzen als auch die vegetativen Folgen verhindern. Mit den im Sachkonto hinterlegten Parametern erkennt das Modul, ob es sich um Umsatzsteuer oder Vorsteuer handelt. Pro Steuersatz benötigt FibuNet nur einen Steuerschlüssel. Bei Buchungen von innergemeinschaftlichem Erwerb überwacht FibuNet, ob im Lieferantenstamm eine USt-ID-Nummer hinterlegt ist und die gesetzlichen Aufzeichnungspflichten wie z.B. Branchenangabe eingehalten wurden. Die Umsatzsteuervoranmeldung wird selbstverständlich auf amtlich genehmigtem Formular produziert. Sie können Z-Meldung und Antrag auf Dauerfristverlängerung (1/11) automatisch erzeugen. FibuNet kontrolliert bei umsatzsteuerrelevanten Buchungen in bereits gemeldeten Buchungsperioden, ob von Ihnen eine berichtigte Umsatzsteuervoranmeldung abgegeben wurde. Bei der Sachkontenanlage ist FibuNet mit der Hinterlegung des Umsatzsteuervoranmeldungskennzeichens behilflich. Sie können ausländische Vorsteuer- und Umsatzsteuersätze eintragen. Die Pflege der Umsatzsteuersätze kann von Ihnen pro Mandant selbst vorgenommen werden. Über ein einstellbares Änderungsdatum wird automatisch der richtige Steuersatz gerechnet. Dabei wird automatisch ermittelte Vorsteuer gemäß GoBS von manuell gebuchter Vorsteuer getrennt. Pro Steuersatz muss für Umsatzsteuer und kann für Vorsteuer jeweils ein Konto hinterlegt werden. Aufzuteilende Vorsteuer (z.B. bei gemischt genutzten Gewerbeobjekten) kann – auch rückwirkend – gebucht bzw. korrigiert werden. Ein Prozentsatz für reduzierte Vorsteuer ist im Sachkonto hinterlegbar. Bei Anzahlungsrechnungen verwaltet FibuNet die fällige und nicht fällige Umsatzsteuer automatisch. Bei eingestellter Ist-Versteuerung überwacht FibuNet die Abführung der Umsatzsteuer bei Zahlungseingang. 
ELSTER (Elektronische Steuererklärung):
Mit FibuNet können Sie Ihre Umsatzsteuervoranmeldung über ELSTER zum Finanzamt senden.
Auf der Arbeitsstation muss ein DFÜ- oder Internetzugang vorhanden sein. Beim Installieren des Programms erhalten Sie ein Anmeldeformular für die Onlineübertragung, dass Sie ausgefüllt und unterzeichnet ans Finanzamt senden müssen, um Ihre Teilnahme an ELSTER zu erklären.